食物アレルゲンには卵，牛乳，小麦など，栄養的に優れたものが多く，これらを厳しく除去すると，栄養素の偏りを起こしやすくなります。特に発育期の小児の場合は考慮しなければなりません。栄養必要量と栄養素バランスを確保するために，代替食品を利用しましょう。 卵は良質の蛋白質源として栄養価値のある食品です。肉類（豚肉，牛肉，羊肉，鶏肉は症状によって不可），魚介類，大豆･大豆製品などで代替します。 また牛乳は飲み物として優れた栄養ドリンクです。牛乳アレルギーの人は，カルシウム不足にならないようにしましょう。代替の蛋白質源として，肉類，魚介類，卵，大豆･大豆製品，豆乳などがあります。またアレルギー用ミルクや豆乳を利用したシチュー，ポタージュ，グラタンなどもあります。お菓子を取る場合には，牛乳・ヨーグルト・生クリーム・バターを使わない菓子類もあります。 小麦粉については，主食となる食品を代替します。ごはん，もち，ビーフン，春雨などを主食にしましょう。グルテン不使用の米粉パン，きびめん，あわめん，ひえめん，米粉ケーキ，雑穀クッキー，小麦不使用の和菓子（もち，団子，ようかん，きんつば，おはぎなど）や，衣や生地の代替として，片栗粉，トウモロコシ粉，コーンフレークなどを使います。 アレルゲンが複数の場合は，1つのアレルゲン食品が4～7日の間隔となるように少量ずつ交互に取るようにします。除去した食品は，それに代わる代替食品で栄養素バランスを取るようにしましょう。また，食品衛生法の2004年の改正により食物アレルギーの頻度の多いものと，重篤な症状を誘発する食品（卵，乳製品，小麦，そば，落花生など）に対して微量でも表示が義務付けられています。加工食品などを利用する場合は，表示を確認するようにしましょう。