国立遺伝学研究所の西村瑠佳氏らは、福井県の鳥浜貝塚から出土した5,500～7,000年前（縄文前期）の糞石に含まれる検体に対しショットガンメタゲノム解析（DNAの塩基配列を解析する手法）を実施したところ、ウイルスの99％以上が細菌に感染し、その細胞内で増殖するウイルスであるバクテリオファージだったことをPLoS One（2024; 19: e0295924）に報告した（関連記事「日本人の腸内細菌・ウイルス叢の特徴とは」）。